對于巧克力囊腫，如果囊腫小于8cm，可采用藥物治療，使其縮小至完全消失；而較大的囊腫，則以手術治療為主，以防其因身體活動而引起的囊腫扭轉或破裂。現在采用先進的腹腔鏡技術，可以保留輸卵管，非常適合需要生育的女性。妊娠、哺乳是治療子宮內膜異位癥的有效手段，既是治療的目的，又是治療的過程。宮腹腔鏡和輔助藥物及生物防黏膜正好是治療不孕癥的最佳方法。