一、發病原因
Barrett食管的病因至今尚不完全清楚。盡管有關Barrett食管與胃食管反流之間的關系已被大多數學者接受，但Barrett食管確切的發病機制仍不清楚。之所以這樣說是因為在胃食管反流病人中，只有10%發展為Barrett食管，而90%的患者并不發生變化。究竟什么因素影響兩者之間的轉化目前還是個謎。但無論怎樣說，胃-食管反流是最重要和最基本的病理基礎，此外十二指腸-胃-食管反流以及食管運動功能障礙也與Barrett食管的發病有關。
長期以來一直存在著兩種學說，即先天性學說和獲得性學說。
1.先天性學說
從胚胎學角度來講，人體胚胎發育至3～34mm時(4個月以前)，原始前腸(食管的前身)黏膜被覆柱狀上皮。發育至130～160mm(18～20周)時，鱗狀上皮開始替代柱狀上皮，這種變化由食管的中央開始并逐漸向胃和口腔兩端發展，至出生前全部完成。這種延伸如受到任何阻礙，都可能導致食管下段于出生后仍然被覆柱狀上皮及食管上段殘留柱狀上皮細胞。基于這種理論，先天性學說認為Barrett食管是由于人體胚胎發育過程中柱狀上皮沒有被鱗狀上皮完全替代所致，因此食管下段遺留下胚胎時期的柱狀上皮。一些臨床觀察也支持先天性學說。一項尸檢結果證實，在死產嬰兒的食管就發現有柱狀上皮。Borrie等提出，Barrett食管的發病高峰有兩個階段，一個是兒童組(0～10歲)，另一個是成人組(40歲以上)，因此提出兒童組的發病原因是先天性的。此外，一項病理研究報道，在Barrett食管未發現后天學說所提到的慢性炎癥和組織纖維化。
2.獲得性學說
目前越來越多的動物實驗和臨床研究的證據表明，Barrett食管是一種獲得性疾病，它與胃食管反流性疾病有密切關系。食管下段長期暴露于酸性溶液、胃酶和膽汁中，造成食管黏膜的炎癥和破壞，導致耐酸的柱狀上皮替代鱗狀上皮。研究證實，大多數Barrett食管病人存在反流性食管炎。臨床還發現，一些外科手術后，如食管肌層切開術、全胃切除加食管空腸吻合術以及胃食管側側吻合等手術后均可發生Barrett食管。其發生機制主要是由于手術破壞了食管下括約肌的完整性，造成胃酸和膽汁反流或食管及胃排空障礙。此外，也有報道化療藥物可使食管黏膜損傷，導致Barrett食管。
動物模型在研究Barrett食管的病因和發病機制中起了非常重要的作用。20世紀60年代末就有學者試圖建立Barrett食管的動物模型，但未獲成功。Bremner和Gillen等分別在先前的動物模型基礎上，增加了長期高酸反流的條件，成功地建立了Barrett食管的動物模型，這一成果有力地支持Barrett食管的獲得性學說。此后又有一些不同的動物模型相繼出現。
二、發病機制
關于Barrett食管柱狀上皮的來源尚未定論。目前有幾種看法：①來源于鱗狀上皮的基底細胞;②來源于食管賁門腺體細胞;③來源于胃黏膜或原始干細胞。
BE的主要病理特點是柱狀上皮從胃向上延伸到食管下段1/3～1/2，多限于食管下段6cm以內，而黏膜下層及肌層結構正常，其柱狀上皮有3種組織學類型：
1.胃底腺型
類似胃底胃體上皮，含有小凹和黏液腺，具有主細胞及壁細胞，能夠分泌胃酸和胃蛋白酶原，但與正常黏膜相比，這些腺體稀少且短小。
2.胃賁門交界型
以賁門黏液腺為特征，表面有小凹和絨毛，小凹及腺體表面由分泌黏液的細胞所覆蓋，其中缺乏主細胞和壁細胞。
3.特殊型柱狀上皮
類似于小腸上皮，表面有絨毛及陷窩，由柱狀細胞和杯狀細胞組成。柱狀細胞與正常小腸吸收細胞不同，無明確的刷狀緣，胞漿頂端含有糖蛋白分泌顆粒，不具備脂肪吸收功能，因此相當于不全性腸化生上皮，此型最常見。
Barrett食管可形成潰瘍，稱為Barrett潰瘍，被認為是食管腺癌的癌前病變。BE潰瘍較深陷，故容易穿孔。如潰瘍穿透食管壁，可并發胸膜和縱隔化膿感染或縱隔組織纖維化和周圍淋巴結炎。
