兒童糖尿病極易被誤診。主要是因為兒童糖尿病患者“三多一少”(多尿、多飲、多食及消瘦)的癥狀不容易被人發現，而且有發熱、呼吸困難、精神不振為首發癥狀的糖尿病多見于小兒，常被誤診為上呼吸道感染、支氣管炎、中樞神經系統感染等。同時，以腹痛、腹瀉為首發癥狀的糖尿病發病急，常被誤診為腸炎、急性闌尾炎等，使病情難以得到及時的遏制，貽誤病情。
臨床上有一些疾病容易與小兒糖尿病相混淆，所以，鑒別診斷也是不容忽視的步驟。
對比其他的泌尿系統、消化系統，各個其他系統的疾病，小兒糖尿病本身，血糖、尿糖同時增高，做OCTT，會出現I型和II型糖尿病的特點。
對比繼發性糖尿病，比如說腎性糖尿病，肝性糖尿病，或者是休克，等等急性代謝紊亂期的血糖增高，會有一些基礎疾病，在基礎疾病的基礎上，發生血糖應激性的增高，這種應激性的增高，隨著原發病的好轉，會很快下降。在代謝紊亂期控制幾天以后，等到原發病一好轉，胰島素就可以停用，所以它就不是糖尿病的典型表現。
除此之外，小兒糖尿病還需要與嬰兒暫時性糖尿病，進行鑒別診斷。對于僅有口渴，消瘦或遺尿癥狀的患兒;或有糖尿病家族史的患兒;或者出現不明原因的脫水酸中毒的患兒都要考慮到有小兒糖尿病的可能性，避免誤診。
具體需鑒別診斷的有：
1.兒童2型糖尿病 胰島素抵抗為主伴胰島素相對分泌不足，或胰島素分泌不足伴或不伴胰島素抵抗，屬多基因遺傳病，占小兒糖尿病總數8%左右，近年來發病率有增高趨勢。多見于10歲以上兒童。肥胖、高胰島素血癥(hyperinsulinemia，黑棘皮病)及家族2型糖尿病史是導致兒童發生該型糖尿病的高危因素。約1/3患兒無臨床癥狀，有時因肥胖就診，給予糖耐量試驗后才發現。一般無酮癥酸中毒，但在應激情況下也會發生。血C肽水平正常或增高、各種自身抗體ICA、IAA、GAD均陰性。飲食控制、鍛煉或口服降糖藥治療有效。
2.青少年型糖尿病(MODY) 為單基因遺傳的常染色體顯性遺傳病，是一種特殊類型的非胰島素依賴性糖尿病。臨床特征是發病年齡小于25歲，有三代以上家族糖尿病史，起病后幾年內不需要胰島素治療。至今發現MODY有5種類型及其相關基因。治療同2型糖尿病。
3.新生兒暫時性糖尿病 與胰腺β細胞發育不全和酶系統功能不全有關。本癥少見，可見于小于胎齡兒，往往母親有糖尿病史。對胰島素治療較敏感。
4.腎性糖尿 患兒尿糖陽性而血糖正常，主要由于腎臟排泄葡萄糖功能異常所致。本癥可見于范可尼綜合征、近端腎小管功能障礙、良性家族性腎性糖尿等。
另外還要與其他可致尿糖陽性的疾病鑒別：如嬰兒因嚴重感染、外傷而致暫時性糖尿。腎排糖閾值下降所致的腎性糖尿，甲狀腺功能亢進時的糖尿等。
