本病需與下面的疾病進行鑒別：
1.強直性脊柱炎：
骶髂關節結核可發生于任何年齡，以單側發病多見，常發生于骶髂關節前下1/ 3 滑膜部;而強直性脊柱炎常見于青年男性，多為雙側對稱發病，表現為關節間隙不規則變窄或伴有骨硬化關節，邊緣可有小囊狀缺損，病變易侵及骶髂關節上半部，常伴有腰椎小關節間隙模糊、狹窄或消失。
2.致密性髂骨炎：
骨型骶髂關節結核發生在髂骨松質內，呈圓形或橢圓形局限性破壞區，可累及骶髂關節;而致密性髂骨炎多見于成年女性，常對稱性侵犯骶髂關節中下2/ 3 髂骨部分，表現為三角形、新月形或梨形致密影，骨小梁融合消失，不累及關節。
3.髂外動脈搏動引起的骨質缺失：
近髂外動脈區的局限性骶髂關節結核有時需與髂外動脈搏動引起的骨質破壞或缺失鑒別，前者引起的骨質破壞區雖比較局限，但骨質破壞較廣泛，破壞區邊緣不清,無硬化;而髂外動脈長期搏動可引起髂骨下緣較明顯而深的凹陷，并可見凹陷的邊緣清楚，無硬化征象。
另外本病還需注意與骶髂勞損，椎間盤突出癥，腰椎結核和髖關節炎癥、類風濕性關節炎、化膿性關節炎和腫瘤鑒別。腰骶椎結核與骶髂關節結核的癥狀、體征、膿腫和竇道的好發部位都很相似，兩者容易混淆。如兩者同時發生在同一病人，要判斷膿腫和竇道來自哪一個病灶，有時很難。只有通過手術或竇道造影來鑒別。
