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開院至今醫院開展了包括國家“973”計劃課題、國家科技攻關(支撐)計劃課題、國家自然科學基金課題、教育部課題、國家中醫藥管理局課題、北京市課題等在內的共566項科學研究,其中主持國家級課題52項,省部級課題118項,獲各級科技成果獎41項。現擁有國家中醫藥管理局細胞分子技術三級實驗室,是衛生部國家食品藥品監督管理局中藥新藥臨床試驗基地,并函蓋了11個新藥臨床試驗專業。所有的二級學科均為國家教育部重點學科,中西醫結合臨床學科、中醫婦科學是國家中醫藥管理局重點學科建設單位。醫院目前承擔著國家教育部“211工程”三期重點建設項目,是國家中醫藥管理局重點研究室、北京市重點學科建設單位。中華中醫藥學會耳鼻喉科分會、中華中醫藥學會脈管病專業委員會、全國中醫性學專業委員會及北京市等多個學術團體的主任委員或托管單位。北京市“薪火工程”名老中醫楊甲三教授、劉弼臣教授、王永炎院士、韋玉英教授、王沛教授、周平安教授、廖家楨學術傳承研究及工作室站的建設單位設在東方醫院。
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