1896年，南洋公學創立，1898年2月學校聘請第一位醫生來校工作。三個世紀以來，學校醫療保健機構隨著西安交通大學的變遷與發展，由最初“醫藥室”、“養息所”發展為“衛生科”、“衛生保健室”。1982年，經校長辦公會決定并報教育部批復成立“西安交通大學醫院”。1983年1月，西安市衛生局批復正式定名“西安交通大學醫院”。1999年經西安市勞動局批準為西安市城鎮職工醫療保險定點醫院，2014年，經陜西省人力資源和社會保障廳批準為定點醫療機構。2000、2010年經西安市衛生局、西安市物價局評審批準為二級乙等醫院。2000年4月，原西安交通大學、西安醫科大學和陜西財經學院三校合并組建成新的西安交通大學。三校合并后，組建成立新的西安交通大學醫院，現已發展成為一所集醫療、科研、預防、保健、健康教育及社區衛生服務工作為一體的非營利性綜合醫院。
西安交通大學醫院建筑面積7000余平方米。醫院設住院部和門診部。住院部設病床150張，分別有內外科（含婦科）等三個病區。門診部設有內科、外科、醫學校區門診部、財經校區門診部、口腔科、婦產科、眼科、耳鼻喉科、皮膚科、中醫科、急診科、預防保健科、家屬區醫療站、特診科、放射科、藥械科、檢驗科等17個科室。醫院擁有西門子ACUSONX300PE、 TOSHIBA SSA350彩色多普勒超聲診斷儀、西門子MultixFusion數字化醫用X射線攝影系統、日立500MA遙控X光機、美國DMS24小時動態心電監護儀、床邊心電監護儀、床邊X光機、心功能檢測儀、奧林巴斯電子胃鏡、結腸內窺鏡、全自動血球計數儀、尿液分析儀、邁瑞Mindray BS-800、日立7060全自動生化分析儀等醫療儀器設備。手術室、供應室設備先進、布局科學、流程合理，門診部、住院部基礎設施齊全、環境清潔舒適，為患者提供了良好的就醫條件和環境
醫院擁有一支訓練較為有素、熱愛醫療衛生保健事業、作風優良、醫療技術熟練的專業技術隊伍。現有主任醫師5名，副主任醫師21名，近年來有一批985、211重點大學培養的碩士研究生來院工作，三名醫生攻讀在職博士學位。近年來獲國家、省、市科研立項三項，獲專利一項，出版各種教材11部，在全國各級雜志發表論文700余篇。具有心腦血管、呼吸、消化及腫瘤等方面疾病的預防、診斷和治療功能，能開展普外、骨外、婦科及五官科等專科的各類常見手術，開展的膽囊、乳腺、胃腸等手術具有良好的臨床治療效果；在急性心梗、心源性休克、頑固性心衰和消化道疾病內窺鏡診治等方面具有較豐富的救治經驗。在傳染病預防和大學生健康教育方面，醫院也積累了較豐富的經驗，取得了良好成績，其中大學生健康教育曾獲得國家教育部30萬元基金資助。社區衛生服務站已獲碑林區示范站稱號，按照“六位一體”的辦醫方針正在開展各項醫療工作。
當前，在學校各級黨政組織領導下，醫院領導集體堅持用科學發展觀指導醫院各項工作，狠抓醫院醫德醫風建設，采取各種措施，努力提高醫院整體醫療的發展潛力，為建設集臨床醫療、預防保健、健康教育、科學教研為一體的現代化醫院而奮斗。
