明嘉靖四十三年，在北京城西南取“安定、安寧”之祥意建右安門，以護城市的安康。建國初期，彭真市長親臨右安門外，規劃始建北京第二傳染病醫院，其建筑規模及學科設置均為亞洲之首。1989年更名為北京佑安醫院。2003年成為首都醫科大學附屬北京佑安醫院和首都醫科大學第九臨床醫學院，同時承擔著“國家生命科學與技術人才培養基地”和“國家感染與傳染病專科醫師進修基地”的教學和培訓任務。同時醫院還設有“北京市肝病研究所”“首都醫科大學肝病與肝癌臨床研究所”“北京市性病艾滋病臨床診療中心”及“國家藥物臨床試驗機構”等臨床科研機構。
醫院自1957年建院以來，伴隨著科學技術的飛速發展、人民群眾對健康的多層次需求、傳染病疾病譜的變遷、醫學模式的轉化以及醫藥衛生體制改革的不斷深入，歷經幾代人的艱苦奮斗，醫院在傳染病診治、突發公共衛生事件應對以及消除急性傳染病對人民群眾健康危害的能力和水平上都取得了極大地發展，昭示出新中國60年來傳染病防治事業的輝煌成就。
今天的佑安醫院，與國民經濟和社會發展以及醫療衛生體制改革同步，進一步確定了未來中長期發展定位與戰略規劃。
佑安醫院將發展成為一家以感染、傳染及慢性相關性疾病群體為服務對象，集預防、醫療、保健、康復為一體的大型綜合性醫學中心，同時搭建起國際化高新醫藥科技臨床與轉化醫學研究高端平臺。
醫院占地面積52280平方米，建筑面積48246平方米。開放床位550張(新的門診樓及呼吸病房樓共28000平方米正在建設中，改擴建后開放床位達750張)。醫院技術力量雄厚，專業技術人員占87%;高級職稱100余人，博士及碩士研究生百余人，博士/碩士研究生導師近30名。北京市**跨世紀人才、北京市科技新星、突出貢獻專家及享受政府特貼專家近20人。擁有一支結構合理、適應21世紀醫學發展需要的老中青相結合的的專業人才梯隊。聘請了英國、美國等國內外著名的專家組成的客座教授隊伍。
在學科發展上，佑安醫院倡導臨床醫療與臨床研究相融合，創新臨床與轉化醫學研究模式，實行中心化、組制化學科建制，形成了系統的內科、外科、專業輔助診療及臨床研究四位一體的肝病中心、感染中心、消化中心、微創介入中心、婦幼中心、中西醫結合中心、人工肝中心、肝臟移植中心、五官中心及急診中心等中心化臨床醫療體系和以臨床檢驗中心、影像中心、病理中心、生物醫學信息中心為一體的臨床診斷體系。形成了以臨床研究課題為基礎的醫、護、技三結合的科研小組，以及以肝病康樂家園和愛心家園為載體的醫患互動會員制慢病終身隨訪管理服務體系。使佑安醫院在病毒性肝炎與肝癌;艾滋病與新發傳染病;感染免疫與生物醫學三大領域形成優勢學科，從而實現組織結構合理、學科專業齊全、運營服務高效、診療技術精湛的完整學科發展鏈。
科教興國、教科興院。佑安醫院的學科與技術優勢還體現在病原微生物感染與傳染機制及流行病學研究;病毒檢測與抗病毒診療研究;肝病內分泌與免疫學研究;肝病生物學與人工肝技術;肝病消化內鏡與微創介入技術;乙肝產婦母嬰阻斷技術;肝病危重癥診療與監護技術;肝臟移植技術;肝癌整體化綜合診療技術;瘟疫與肝病中西醫結合診療技術;國家藥物臨床試驗機構的建設和生物醫學信息網絡與分析技術等領域。其中，乙型肝炎相關肝癌早期分子診斷標志物篩查與早期生物干預技術;聯合ADV-TK基因治療肝癌的臨床新策略診療方案;肝移植術后乙肝主動免疫重建及肝移植圍手術期臟器功能保護技術達到國際領先水平，形成了多個重點優勢學科。
在國內外學術交流與合作領域，醫院與美國華盛頓大學、英國牛津大學分別建立了傳染病及慢性相關性疾病臨床研究合作中心;與醫科院、中科院、軍科院、國家CDC流行病所等科研單位開展了廣泛的學術交流與合作研究。
在教學領域，醫院在內科傳染病學、普外科與器官移植學、臨床檢驗診斷學、皮膚性病學、影像醫學與核醫學、生物化學與分子生物學及中西醫結合學科，擁有8個碩士研究生點、4個博士研究生培養點和2個博士后流動站，在研學生近百名。醫院先后開展了全國感染與傳染病專科醫師培訓、全國傳染病醫院醫院感染專科培訓、感染與傳染病ICU專科護理培訓、美國NIH臨床研究高級培訓、臨床工程師資格認證崗前培訓等繼續教育項目，取得了顯著的成績。
佑安人秉承“尊道厚德、互佑平安”的文化理念，堅持“求實、奉獻、精湛、創新”之訓導，傳承不畏艱苦、奮發拼搏、唯求奉獻的醫院精神。遵循“讓每一個職工每一天都能以愉快的心情走上他的工作崗位，讓每一個病人每一次都能以簡捷的方式得到滿意的醫療服務，以醫務人員為本，以病人為中心，創建人民滿意醫院”的服務宗旨。立足首都，面向全國，成立了《佑安醫療聯盟》，聯盟單位遍及全國24個省、市、自治區67家醫院。并創建了中國初級衛生保健基金會佑安肝病艾滋病基金，積極開展社會公益事業，構筑起抵御傳染病及慢性相關性疾病，防、治、保、康一體化的鋼鐵長城。
今天的佑安醫院，已經構建起以臨床醫療、公共應急、科學研究、醫學教育、健康指導五位一體的臨床與科研相融合的大型綜合性醫學中心，在應對突發公共衛生事件方面成為了國家隊的主力軍。醫院先進的醫療儀器裝備、完善的基礎研究設施、精良的專科醫療技術、團結奮進的學科梯隊及廣泛的學術交流與合作，使佑安醫院成為在國內外享有盛譽的知名醫療機構。連續被評為全國衛生系統先進集體、首都精神文明建設標兵單位，榮獲全國五一勞動獎狀、全國三八紅旗集體等光榮稱號。胡錦濤總書記、溫家寶總理、吳儀副總理、王岐山副總理、北京市委書記劉淇、衛生部長陳竺、黨委書記張茅等黨和國家領導人均先后親臨佑安醫院視察指導，給予佑安人極大的鼓舞和鞭策。
“與時千帆渡，更見佑安紅”。在新時期構建國際現代化醫院及公共衛生救治體系建設中，佑安人正以飽滿的改革創新精神，以人為本、與時俱進、科學發展，為建設具有國際水平的研究創新型、資源節約型、人文和諧型醫學中心而努力奮斗。
所獲榮譽：
“十一五”、“十二五”期間，醫院在肝炎與肝癌、艾滋病與新發傳染病研究領域，承擔了國家重大專項，973、863、國家自然科學發展基金、首發基金等科研課題150余項，累計科研經費超過1.5億元，獲得了眾多國家級、省部級科研成果獎，發表了數百篇高質量科學論文和專著，一躍列入北京市衛生系統先進行列。
先進設備：
全身CT、特定蛋白分析儀、全自動免疫分析系統、彩超、1250mAX光機、動態心電圖儀、高壓氧艙、系列電鏡、氨基酸分析儀、心臟監護儀、DNA序列分析儀
乘車路線：
行車路線(外地患者):
火車站路線:從北京站出發,步行至東便門乘坐59路,在大觀園下車,步行至醫院;
從北京西站出發,步行至南廣場乘坐53路,在大觀園下車,步行至醫院;
行車路線(本地患者):
乘坐公交458路、717路、939路在大觀園下車,步行至醫院。
