廣東三九腦科醫院是一所集臨床、科研、教學為一體的腦專科醫院，系國務院國資委全資建設的現代化大型三級公立腦專科醫療機構。醫院于1994年經國家衛生部批準設立，系央企華潤集團旗下的“明星醫院”。原全國人大常委會副委員長吳階平、原國家衛生部部長陳敏章為醫院題寫了“勇攀醫學科學高峰，不斷提高診治水平”、“發揮專科優勢，爭創一 流技術”，對醫院建設取得的成績予以贊揚和勉勵。
目前醫院設有41個臨床診療和功能檢查科室，神經外科、康復科和心理行為醫學科上榜廣東省“最強學科”榜單。經過20多年的發展，醫院已經逐漸形成了一批具有專科特色優勢的學科群，包括高難度顱底及腦干疾病治療的顱底神經外科，以顱底、圍腦干區、脊髓等高難度手術為特色的腫瘤神經外科，對兒童各類腫瘤進行個體化治療的小兒神經外科，以腫瘤切除、動脈瘤精準夾閉、三叉神經痛手術治療等為主要特色的綜合神經外科，掌握國內外前沿的核心技術開展DBS、VNS、CEA等項目的微侵襲神經外科，利用多種監測手段開展各種腦血管病外科治療的血管神經外科，成熟開展SEEG、全島葉切除等高精尖手術的癲癇神經外科等。
醫院在癲癇的內外科治療、腦部腫瘤外科手術及放療與化療、腦血管病的內外科治療及介入治療、小兒神經系統疾病的內外科治療、以手術為特點的腦癱綜合康復、系列難治性精神病的綜合治療、植物狀態促醒、重癥康復以及脊柱疾病、顱腦損傷合并復雜骨折和大康復治療等方面形成了明顯的特色和優勢。部分特色治療技術處于華南乃至全國領先地位。
醫院系暨南大學附屬腦科醫院和華南師范大學附屬三九腦科疾病與康復醫院。醫院以高素質的專業人才隊伍和良好的專科基礎獲得廣東省衛健委批準成為神經內科、神經外科、精神科、康復醫學科、放射科住院醫師規范化培訓協同基地。醫院科研方面重點對接國家腦科學研究計劃，以臨床開展科研，以科研促進臨床，實現跨越式發展，旨在將醫院建設成為國內一 流、有重要影響力的腦專科醫院。
近年來，醫院多次在廣東省民情調研機構的患者滿意度調查中，位居全省三級專科醫院前列。醫院還多次獲得“省行風評議標桿單位”等代表老百姓口碑的成績和榮譽。
