2000年10月，經(jīng)省政府（蘇編〔2000〕21號和44號）批準(zhǔn),由原江蘇省衛(wèi)生防疫站（省結(jié)核病防治所）、江蘇省職業(yè)病防治所（省職業(yè)病防治院）、江蘇省衛(wèi)生宣傳教育所和江蘇省皮膚病防治研究所（省性病監(jiān)測中心）合并組建江蘇省疾病預(yù)防控制中心，是直屬江蘇省衛(wèi)生和計劃生育委員會領(lǐng)導(dǎo)的主要從事疾病預(yù)防控制工作的公益性事業(yè)單位。2002年3月、2008年7月增掛江蘇省衛(wèi)生檢測檢驗中心、江蘇省公共衛(wèi)生研究院。2013年，加掛“國家食品安全風(fēng)險監(jiān)測江蘇中心”和首批“國家食品安全風(fēng)險監(jiān)測參比實驗室（有機(jī)污染物）”。2015年，加掛江蘇省公共衛(wèi)生實踐教育中心。2014年成功建設(shè)申報“國家醫(yī)師資格考試實踐技能考試與考官培訓(xùn)基地（公衛(wèi)類別）”。

中心現(xiàn)有在職在編職工487名，其中，專業(yè)技術(shù)人員440人，研究生以上學(xué)歷205人，正高級技術(shù)職務(wù)73人，副高級技術(shù)職務(wù)94人。現(xiàn)轄31個部門（室、科、所），其中職能部門9個、業(yè)務(wù)部門18個，其它科室3個，主要有急性傳染病防制、慢性傳染病防制、慢性非傳染病防制、性病與艾滋病防制、免疫規(guī)劃、消毒與媒介生物防制、食品安全與評價、兒童青少年健康促進(jìn)所（學(xué)生健康管理辦公室）、環(huán)境疾病（地方病）防制、放射防護(hù)、職業(yè)病防治、毒理與功能評價、理化檢驗、病原微生物研究、健康教育與健康促進(jìn)、公共衛(wèi)生信息等專業(yè)部門，主辦《江蘇預(yù)防醫(yī)學(xué)》、《江蘇衛(wèi)生保健》雜志。

中心成立以來，不斷提升裝備水平，改造完善基礎(chǔ)設(shè)施，占地面積2.79萬平米，2014年省突發(fā)公共衛(wèi)生應(yīng)急處置中心大樓建成并投入使用。辦公科研實驗用房達(dá)4萬平米，固定資產(chǎn)4.04億，50萬元以上儀器設(shè)備146臺2.31億。2012年，建成國家衛(wèi)生計生委“急性傳染病防控隊伍”和“核和輻射突發(fā)事件衛(wèi)生應(yīng)急隊伍”兩支國家級應(yīng)急隊伍。

中心成立以來，以國家科技重大專項和省“科教興衛(wèi)”工程為牽引，以衛(wèi)生部腸道病原微生物重點實驗室為平臺，應(yīng)用研究成就斐然，連年攀升，先后獲得各級各類科技獎114項。其中省部級科技成果一等獎1項、二等獎9項、三等獎17項，市廳級科技成果一等獎26項、二等獎45項、三等獎16項，“十三五” 科教興衛(wèi)工程立項創(chuàng)新平臺1個，重點學(xué)科1個，創(chuàng)新團(tuán)隊2個，重點人才3人；“職業(yè)病臨床”獲批“衛(wèi)生重點臨床專科”。主持國家級、省部級課題101項，其中科技部國家重大專項1項(2009、2011、2013、2015)，科技部863計劃1項，國家自然科學(xué)基金21項，省自然科學(xué)基金、支撐計劃、臨床專項46項，其他部委及人才培養(yǎng)項目32項；承擔(dān)或參與制定國家標(biāo)準(zhǔn)170項，發(fā)表論文3173篇，SCI收錄論文從無到有，累計發(fā)表380篇，其中《Journal of the Lancet》發(fā)表7篇，《The New England Journal of Medicine》發(fā)表6篇，《Nature Genetics》1篇，最高影響因子55.873，目前擁有軟件著作權(quán)34項，發(fā)明專利19項，實用新型專利專利權(quán)維持12項，標(biāo)志著中心科研、監(jiān)測、檢測、應(yīng)急、防控能力逐年躍升，有力保障和促進(jìn)全省公共衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展。

中心在江蘇省委省政府和省衛(wèi)生計生委正確領(lǐng)導(dǎo)下，在社會各界大力支持下，堅持以鄧小平理論、“三個代表”重要思想和黨的十八大精神為指導(dǎo)，以建成具有國際影響力的現(xiàn)代化省級疾病預(yù)防控制中心為目標(biāo)，貫徹科學(xué)發(fā)展觀，積極倡導(dǎo)“團(tuán)結(jié)、奮進(jìn)、求實、創(chuàng)新”的中心精神，依據(jù)國家法律法規(guī)，始終堅持“預(yù)防為主”的衛(wèi)生工作方針，認(rèn)真履行疾病預(yù)防與控制、突發(fā)公共衛(wèi)生事件應(yīng)急處置、疫情及健康相關(guān)因素信息管理、健康危害因素監(jiān)測與干預(yù)、實驗室檢測檢驗與評價、健康教育與健康促進(jìn)、技術(shù)管理及應(yīng)用研究指導(dǎo)等職能，緊緊圍繞重大疾病防制策略，愛崗敬業(yè)、勇于進(jìn)取，開拓創(chuàng)新、創(chuàng)先爭優(yōu)，成功應(yīng)對“9.14”湯山投毒、“非典”疫情、禽流感疫情、手足口病、甲型H1N1流感、嬰幼兒毒奶粉、“小龍蝦”事件、瘦肉精、地溝油、人感染H7N9禽流感等多起突發(fā)公共事件，圓滿完成援非抗埃國際救援保障任務(wù)，支援保障北京奧運、上海世博會、南京青奧會，特別是在應(yīng)急救援“5.12”汶川特大地震、“4.20”雅安地震和“6.23”鹽城龍卷風(fēng)冰雹特別重大災(zāi)害、對口支援西藏拉薩、新疆伊犁和克州、四川綿竹等項目中，鍛煉了隊伍，展現(xiàn)了風(fēng)貌，樹起了形象，贏得了贊譽。

先后榮獲中共中央精神文明建設(shè)指導(dǎo)委員會“全國文明單位”, 中組部“全國防治‘非典’工作先進(jìn)基層黨組織”, 人事部、衛(wèi)生部、國家中醫(yī)藥管理局“全國衛(wèi)生系統(tǒng)抗擊非典先進(jìn)集體”、“全國衛(wèi)生系統(tǒng)先進(jìn)集體”， 衛(wèi)生部、國家食品藥品監(jiān)督管理局、國家中醫(yī)藥管理局、總后勤部衛(wèi)生部“抗震救災(zāi)醫(yī)藥衛(wèi)生先進(jìn)集體”，人社部、國家衛(wèi)生計生委“全國艾滋病防治工作先進(jìn)集體”，人社部、國家衛(wèi)計委、中宣部、外交部、商務(wù)部、解放軍總政治部、解放軍總后勤部“埃搏拉出血熱疫情防控先進(jìn)集體”, 國家衛(wèi)生計生委“全國疾病預(yù)防控制工作先進(jìn)集體”, 中華全國總工會“全國五一勞動獎狀”，中國教科文衛(wèi)體工會全國委員會“全國教科文衛(wèi)體系統(tǒng)模范職工之家”,江蘇省總工會“江蘇省五一勞動獎狀”、“工人先鋒號”、“模范職工之家”,江蘇省委省政府“全省防治‘非典’工作先進(jìn)集體”、“江蘇省文明單位標(biāo)兵”等國家級和省部級表彰100多項。