本病病因尚不清楚據研究，與以下幾種因素有關。
1感染：有報道說，本病與急、慢性病毒感染細菌感染如鏈球菌、結核桿菌感染，引起的自體免疫異常有關比如：據國內有關報道，本病患者中，有三分之一過去患過結核病或者正在患結核病部分病人經過治療結核后，不僅結核治愈，而且白塞病癥狀也有好轉也有人發現單純皰疹病毒和溶血鏈球菌與本病有關。說明細菌病毒感染與本病有關。
2遺傳因素：本病有地區性發病傾向，如多見于地中海沿岸國家。對表明人類遺傳特征的物質HLA的研究發現白塞病患者中HLA-B5陽性檢出率可達60%以上，HLA-B51的陽性檢出率也很高。因此有人提出，這兩種HLA類型所代表的遺傳特征可能是部分白塞病發病的內因或內環境。因為并非所有白塞病患者均有HLA-B5或HLA-B51陽性Behcet可能與常染色體隱性遺傳有關。
3微量元素：患者病變組織多種微量元素含量增高，如有機氯、有機磷和銅離子也有人發現某些微量元素鋅、硒缺乏，可能與本病有關
4免疫異常：患者血清中存在抗口腔粘膜抗體、抗動脈壁抗體等自身抗體，血清中免疫復合物陽性率達60%并與病情活動有關，患者免疫球蛋白增高，淋巴細胞比例失調血管周圍、腦脊液、血管壁等病損處可見到淋巴細胞免疫球蛋白、補體等與免疫反應有關的物質，說明本病與免疫失調有密切關系
