引起習慣性流產的原因比較復雜，而且常為多種因素共同所致。
目前比較明確的病因有：
一、遺傳因素：約占習慣性流產的4.5%25%，如胚胎染色體的異常，流產多發生在妊娠8周以內。
二、內分泌因素：約占13%2%，如卵巢黃體功能不全，亦早期流產的常見原因。
三、生殖器官異常：約占12%15%，如子宮發育不良，宮頸內口功能不全癥等，多引起晚期流產。
四、感染因素：占2%，如病毒或細菌感染，一方面可導致胚胎的發育異常，另一方面可引起生殖器官的炎癥，不利于孕卵著床。
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