原發性腦干損傷與其他的顱腦損傷往往同時存在。臨床癥狀重疊，鑒別診斷較為困難。對于傷后立即昏迷并進行性加重，瞳孔大小多變、早期發生呼吸循環功能衰竭、出現去皮質強直及雙側病理征陽性的病人，原發性腦干損傷的診斷基本成立。
原發性腦干損傷往往與腦挫裂傷或顱內出血同時伴發，臨床癥狀相互參錯，難以辨明孰輕孰重、何者為主，特別是就診較遲的病人，更難區別是原發性損傷還是繼發性損害。原發性腦干損傷與繼發性腦干損傷的區別在于癥狀體征出現的早晚。
繼發性腦干損傷健康搜索的癥狀、體征皆在傷后逐漸產生。
顱內壓持續監護亦可鑒別：原發性顱內壓不高而繼發性則明顯升高。同時，CT和MRI也是鑒別診斷的有效手段。在顯示腦實質內小出血灶或挫裂傷方面，尤其健康搜索是對胼胝體和腦干的細微損害，MRI明顯優于CT。
腦干聽覺誘發電位可以較準確地反映腦干損傷的平面及程度。通常在聽覺通路病灶以下的各波正常，病灶水平及其上的各波則顯示異常或消失。
顱內壓監護連續測壓亦有鑒別原發性或繼發性腦干損傷的作用，雖然二者臨床表現相同，但原發者顱內壓正常健康搜索，而繼發者明顯升高。
注意腦部的保健。
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