兩眼虹膜異色在人類是很罕見的。通常這是眼科疾病的指標，如慢性虹膜炎或彌漫性虹膜黑色素瘤，但也有可能是正常變體。
虹膜異色在一些特定的狗、貓品種身上比較常見，如西伯利亞雪撬犬、澳大利亞牧羊犬、邊境牧羊犬、白波斯貓等，主要由于品種雜交所造成。
1.由交感神經損害引起的虹膜異色 交感神經損害可使虹膜脫色，已為動物實驗所證實。臨床上如Horner綜合征、Parry-Romberg綜合征。Horner綜合征除單眼虹膜異色而無虹膜睫狀體炎癥跡象外，尚有上瞼下垂、眼球內陷、瞳孔縮小、患側面部皮膚無汗等體征，同時有導致交感神經損害的原因可查(外傷、手術、Pancoast腫塊、主動脈瘤、頸內動脈血栓等)，一般易于判別;Parry-Romberg綜合征罕見，亦為單眼，眼部病變除無KP外與HI基本相同，可從患側面部有無肌肉進行性萎縮予以鑒別。
2.單純虹膜異色癥 為虹膜發育異常，無炎癥，雙眼多。
3.其他原因慢性虹膜睫狀體炎引起的彌漫性虹膜萎縮可見色素KP、晶狀體前囊色素沉著、虹膜后粘連等。
4.有繼發性青光眼的HI應與青光眼-睫狀體炎綜合征(glaucomatocyclitic crises syndrome)鑒別。二者均屬繼發性開角性青光眼，但后者KP圓形、較大、在角膜后呈三角形分布，KP之間無細絲樣聯系，且虹膜無異色。
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