扁平疣可以通過局部用藥、口服藥物、激光、冷凍等方法來治療。

1.局部用藥

針對扁平疣皮損數量較少，面積較小的情況，可以在醫生指導下選擇局部用藥，比如可以涂抹咪喹莫特乳膏、維A酸乳膏、氟尿嘧啶軟膏等藥物，通過應用以上藥物能夠抑制病毒復制，增強細胞免疫作用，從而達到治療目的。

2.口服藥物

如果單純的局部用藥，效果并不明顯，或者扁平疣數量較多，也可以在醫生指導下口服藥物治療，比如服用匹多莫德分散片、異維A酸軟膠囊、阿昔洛韋片等，以上藥物可以通過增強免疫力，抑制病毒復制的方式改善病情。

3.激光

針對一些皮損數量較少的扁平疣，而且并不處于急性發病時期，可以選擇激光的方式去除，其是利用高能量激光束作用于皮損部位，使其變性、凋亡。

4.冷凍

對于扁平疣持續時間比較久，疣體已經成熟的情況也可以選擇冷凍治療，此方法主要是利用液氮冷凍的方式，將病變部位進行凍結，從而破壞病毒細胞，達到治療效果。

除此以外，也可以選擇電灼、刮除、手術等方式治療，需要結合個人病情并聽取醫生建議，選擇適合自己的治療方式。