一、病因
根據引起蛋白質和能量缺乏的發病原因分為原發性和繼發性兩種：
1.原發性蛋白質-能量營養不良 原發性蛋白質-能量營養不良是因食物中蛋白質和(或)能量的攝入量不能滿足身體的生理需要而發生的。其主要原因為飲食不當和攝入不足，如嬰兒期母乳不足，而未及時和正確地采用混合喂養;如奶粉配制過于稀釋，驟然斷奶，嬰兒不能適應或拒絕新的食品。較大小兒常見不良飲食習慣，偏食或素食，多食糖果，厭食奶類、肉類、蛋類，長期使用淀粉樣食品(如奶糕、粥)，飲食中長期食物成分搭配不當，熱能不夠或蛋白質太少。以上原因均可造成攝入不夠致熱能-蛋白質不足。
2.繼發性蛋白質-能量營養不良 繼發性蛋白質-能量營養不良多與疾病有關。主要由于食欲減低，吸收不良，分解代謝亢進，消耗增加，合成代謝障礙所致。多見于消化道感染(如遷延性腹瀉、慢性痢疾、嚴重寄生蟲感染等)，腸吸收不良綜合征，消化道先天性畸形(如唇裂、腭裂、先天性肥厚性幽門狹窄等)，慢性消耗性疾病(如結核、肝炎、長期發熱、惡性腫瘤等)等。
二、發病機制
由于熱能和蛋白質供應不足，機體首先動用貯存的糖原，繼之動用脂肪，出現脂肪減少。最后致使蛋白質氧化供能，使機體蛋白質消耗，形成負氮平衡。隨著全身脂肪大量消耗和血漿蛋白低下，全身總液體量相對增多，使細胞外液呈低滲性。如有嘔吐、腹瀉，易出現低滲性脫水和酸中毒，出現低鈉、低鉀、低鎂及低鈣血癥。
重度營養不良對消化系統，心、腎功能，以及中樞神經系統均有影響。
1.消化系統 胃腸黏膜變薄甚至萎縮，上皮細胞變形，小腸絨毛失去正常形態。胃酸減低，雙糖酶減少。胰腺縮小，胰腺的分泌酶活性降低。腸蠕動減慢，消化吸收功能下降，菌群失調，易引起腹瀉。
2.心臟功能 嚴重病例引起心輸出量減少，心率減慢，循環時間延長，外周血流量減少，心電圖常常無特異性改變，X線示心臟縮小。
3.腎功能 嚴重者腎小管細胞渾濁腫脹，脂肪浸潤。腎小球濾過率和腎血流量減少，濃縮功能降低，尿比重下降。
4.中樞神經系統 營養不良對大腦和智力發育有很大影響。營養不良如發生在腦發育的高峰期，將影響腦的體積和化學組成，使腦的重量減輕，磷脂減少。表現為想象力、知覺、語言和動作能力落后于正常兒，智商低下。
