急性菌痢應與下述疾患鑒別
(一)阿米巴痢疾
又稱腸阿米巴病(intestinalamebiasis)，是由致病性溶組織阿米巴原蟲侵入結腸壁后所致的以痢疾癥狀為主的消化道傳染病。病變多在回盲部結腸，易復發變為慢性。原蟲亦可由腸壁經血流—淋巴或直接遷徙至肝、肺、腦等臟器成為腸外阿米巴病，尤以阿米巴肝膿腫最為多見。起病一般緩慢，少有毒血癥癥狀，里急后重感較輕，大便次數亦較少，腹痛多在右側，典型者糞便呈果醬樣，有腐臭。鏡檢僅見少許白細胞、紅細胞凝集成團，常有夏科-雷登氏結晶體，可找到阿米巴滋養體。乙狀結腸鏡檢查，見粘膜大多正常，有散在潰瘍。本病易并發肝膿腫。
(二)流行性乙型腦炎
本病主要分布在亞洲遠東和東南亞地區，經蚊傳播，多見于夏秋季，臨床上急起發病，有高熱、意識障礙、驚厥、強直性痙攣和腦膜刺激征等，重型患者病后往往留有后遺癥.屬于血液傳染病。本病表現和流行季節與菌痢(重型或中毒型)相似，后者發病更急，進展迅猛、且易并發休克，可以溫鹽水灌腸并做鏡檢及細菌培養。
此外，本病尚應與沙門氏菌感染、副溶血弧菌食物中毒、大腸桿菌腹瀉、空腸彎曲菌腸炎、病毒性腸炎等相鑒別。慢性菌痢應與慢性血吸蟲病、直腸癌、非特異性潰瘍性結腸炎等鑒別。
