細菌學檢測應根據不同的感染部位盡早獲得標本并進行細菌學鑒定。傳統方法是根據糖類的降解反應及硝酸鹽還原試驗，此法需要大量細菌，耗時長，且易出現假陽性。近年來不斷推出快速、準確、簡易的方法，如改良糖類降解試驗;產色底物快速酶試驗;丁酸鹽油脂水解試驗;丁酸酯酶試驗。其中：Bacto-TB水解試驗具有特異、實用、簡單、費用低等優點，可對MC作出快速鑒定。基于LPS的血清學分型、β內酰胺酶蛋白等電聚焦、蛋白外膜電泳譜均已用于MC的表現型鑒定。最近基于核酸多態性的限制酶分析、巨限酶(macrorestriction enzyme)和脈沖場凝膠電泳(PFGE)技術也為細菌學檢測提供了有力武器。菌株特異性DNA探針也已試用于臨床。片段長度多態性分析(FLPA)和自動化核型分析系統用于臨床分離菌的鑒定發現，耐藥MC為同種間的異質基因，是來自于某一克隆的成功繁殖。此外，利用PCR和16S rRNA基因測序可精確鑒定MC。同時測定三種或更多種常見致病菌的多重(multiplex)PCR技術也已經在臨床應用。血常規檢查白細胞數和中性粒細胞數顯著增高，可有核左移。但免疫低下等機體反應較低者或老人和小兒等白細胞也可不高。影像學檢查可用于肺部、鼻竇等感染的輔助診斷。
肺部感染時，X線胸片可見異常病變。
