研究表明，出生時，嬰兒的消化系統功能尚未完善，因此可能無法完全消化和吸收所有營養素。更確切地說，有些酶對消化和吸收乳糖和蛋白質是至關重要的，但在嬰兒出生時可能尚未完全活化。
一部分嬰兒會對牛奶蛋白產生不同程度的不耐受現象，常表現為不同程度的上火、濕疹，嚴重者可出現腹瀉，甚至便血。牛奶蛋白是嬰幼兒最早接觸的、最常見的過敏原。一般嬰兒只是對牛奶蛋白不耐受，但個別寶寶對母乳蛋白也會不耐受。對于不能純母乳喂養的乳蛋白過敏高風險寶寶，與常規牛奶蛋白配方相比，采用部分水解蛋白配方可預防或推遲嬰幼兒早期特應性皮炎和牛奶蛋白過敏的發生
除了餓了、困了、累了等原因，寶寶的腸胃不舒服也是哭鬧的常見原因，小寶寶的腸道發育尚未完善，百天之內的寶寶經常會出現脹氣，因此民間有“新生兒百日哭”的說法。另外，如果寶寶是混合喂養，每日都會出現無規律陣發性哭鬧、吐奶、排氣多，排便次數多且大便稀，就應考慮是不是牛奶蛋白不耐受或者乳糖不耐受。可以嘗試更換部分水解蛋白同時較低乳糖的配方奶粉。
由于寶寶消化系統尚未發育成熟，消化道中的乳糖酶并未完全活化，降低乳糖水平可能對出現乳糖敏感性相關癥狀的嬰兒有利。與全乳糖的常規配方奶相比，乳糖含量大幅度降低能幫助寶寶減少乳糖不耐受癥狀,從而更容易被寶寶稚嫩的腸胃吸收，減輕上火、消化不適的癥狀。
6~12個月寶寶已經添加各種輔食了。有的寶寶進食量過少，食物經過胃腸消化吸收后，剩下的食物殘渣少，影響腸道蠕動，所以不會有便意。還有些寶寶偏食，愛吃肉，不愛吃菜、吃水果，纖維素含量少，腸道缺乏刺激，加上排便習慣不佳，寶寶上火、便秘就會找上門。
