雖然在我們遇到的口腔潰瘍中，絕大多數屬于復發性口腔潰瘍，但在少數情況下，口腔潰瘍也可能是較為嚴重的疾病表現出的一個癥狀，如口腔鱗癌、盤狀紅斑狼瘡、多形紅斑、白塞病、克隆氏病等。有時，它還可能是全身疾病的一種反映，如患糖尿病、胃病、血液病、結核病等。因此，了解鑒別口腔潰瘍的方法非常重要。
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1.發作頻繁和持續時間
良性口腔潰瘍一般1—2周即可愈合。若歷時較長，超過兩個月仍未痊愈，或發作頻繁，一個月超過兩次，都需要盡快去醫院就診查明病因。
2.形態和數量
形態較規則，圓、橢圓或呈線條形，邊緣整齊、清楚，與周圍組織分界清晰，凹陷的基底部較平滑，摸上去柔軟，且疼痛明顯，多為良性。惡性的形態多不規則，邊界不清，邊緣隆起呈凹凸不平狀，潰瘍底部不平，呈顆粒狀，摸起來感覺有些硬，不同于其他部位，而且潰瘍不疼或不太疼。
3.全身情況
良性口腔潰瘍全身癥狀較少，頸部淋巴結不腫大，或略腫但不硬、不粘連。惡性口腔潰瘍則相反，會表現出相應頜面部腫大、淋巴結粘連。
4.口腔潰瘍對藥物的敏感程度
良性口腔潰瘍正確使用藥物效果明顯，能加速愈合，惡性的則不明顯。此外，有些人沒有找到準確病因就擅自用藥，結果潰瘍不但沒有好轉，還越來越重。應該提醒的是，若良性口腔潰瘍用藥8次后，仍疼痛不止，潰瘍不消，說明該藥無效，應盡快去醫院檢查，并在醫生指導下換藥。
