相信很多人經常會把有機食品以及綠色食品混為一談，以為這兩者是一回事，這樣想的人都錯了，這是兩個不同的概念，標準完全是不一樣的，發源地也是不同的。
①發源地不同。
無公害食品主要起源于中國，“無公害”一詞從國外引入，綠色食品起源于中國，有機食品和有機農業的發源地是歐洲。
②標識不同。
無公害食品及綠色食品標識的標識都是唯一的。有機食品在不同的國家、不同的認證機構其標識不相同，2005年4月1日我國出臺了《有機產品》國家標準，在國內通過有機認證的產品包裝除要粘貼認證機構標識外，都需加貼國家標識。
③認證機構不同。
無公害食品由農業部及各省市食用農產品安全生產體系辦公室統一認證；綠色食品的認證由中國綠色食品發展中心負責全國綠色食品的統一認證和最終認證審批，各省、市、區綠色食品辦公室協助認證。有機食品的認證是由具有有機認證資質的認證機構進行認證。
④認證方式不同。
無公害食品的認證以檢查認證為主，檢測認證為輔，綠色食品的認證以檢測認證為主，有機食品的認證是在國家認監委監督下，由具有認證資質的機構進行認證。
⑤標準不同。
無公害食品禁用高毒高殘農藥、推廣使用低毒低殘農藥；綠色食品推暢減量化使用常規農藥、化肥；有機食品不能使用農藥、化肥、食品添加劑及轉基因物質。
