艾灸的時候身體可能出汗，并且這種出汗的現象有可能維持幾天或者時間更長，但是出汗的時候身體并不會感覺到沒有力氣，這往往說明通過艾灸之后，身體已經在開始排毒。艾灸的時候還有可能出現皮膚紅疹，這個時候可以一邊艾灸一邊做按摩，這樣能夠避免紅疹產生。其實不管是艾灸還是溫灸，有很多問題如果注意了就不會導致副作用。
由于艾灸以火熏灸，施灸不注意有可能引起局部皮膚的燙傷，另一方面，施灸的過程中要耗傷一些精血，所以有些部位或有些人是不能施灸的，這些就是施灸的禁忌。古代施灸法，禁忌較多，有些禁忌雖然可以打破，但有些情況確實是應禁忌的。凡暴露在外的部位，如顏面，不要直接灸，以防形成瘢痕，影響美觀。皮薄、肌少、筋肉結聚處，妊娠期婦女的腰骶部、下腹部，男女的乳頭、陰部、睪丸等不要施灸。另外，關節部位不要直接灸。此外，大血管處、心臟部位不要灸，眼球屬顏面部，也不要灸。極度疲勞，過饑、過飽、酒醉、大汗淋漓、情緒不穩，或婦女經期忌灸。某些傳染病、高熱、昏迷、抽風期間，或身體極度衰竭，形瘦骨立等忌灸。無自制能力的人如精神病患者等忌灸。
如果是艾灸之后出現了腹瀉或者拉肚子的現象，那么這個時候也不要太大驚小怪，這說明患者的胃腸道可能存在很多疾病，最好是到醫院檢查一下。另外，艾灸的時候如果感覺到咽喉或者是牙痛，那么這種現象只要多喝水就可以緩解。
