一、發病原因
衣原體感染人體后，首先侵入柱狀上皮細胞并在細胞內生長繁殖，然后進入單核巨噬細胞系統的細胞內增殖。由于衣原體在細胞內繁殖，導致感染細胞死亡，同時尚能逃避宿主免疫防御功能，得到間歇性保護。衣原體的致病機理是抑制被感染細胞代謝，溶解破壞細胞并導致溶解酶釋放，代謝產物的細胞毒作用，引起變態反應和自身免疫。
衣原體 1957年開始把衣原體歸于細菌類，這一主張已獲得越來越多的微生物學家的支持。不能在人工培養基上生長，只能在寄主細胞內生長，能通過細胞濾器的微生物。因而長期以來被認為是病毒。但它又有細胞壁結構，借二分裂繁殖，含DNA和RNA二種核酸，胞漿內有核糖體，對磺胺和多種抗生素敏感，這些特性又類似細菌。按伯杰氏新的分類，衣原體屬立克次氏體綱衣原體科。衣原體屬Ⅰ為沙眼衣原體組衣原體，這組衣原體在寄主細胞漿內形成致密型包涵體，其中含有豐富的糖原，碘染色陽性。對磺胺藥和環絲氨酸類藥物高度敏感。衣原體屬Ⅱ為鸚鵡熱衣原體組衣原體，這組衣原體在寄主細胞漿內的包涵體呈疏松型，不含糖原，碘染色陰性，對磺胺藥不敏感，對環絲氨酸類藥物低度敏感。
衣原體感染的傳染源是患者及攜帶者，傳播途徑主要通過性生活和接觸感染者的眼分泌物，新生兒的感染大多來源于分娩時所經產道，其母生殖道衣原體檢測往往陽性。
二、發病機制
感染性：衣原體(原始小體)侵入人體后，首先附著宿主上皮細胞表面的外膜受體，通過細胞的吞飲作用進入細胞，進入細胞后原始小體體積增大成網狀小體，依靠宿主細胞的營養物質，以二分裂的方式進行增殖成新的原始小體，并形成含有眾多原始小體的包涵體(inclusion)，最終包涵體膜脹破，釋出原始小體再擴散感染鄰近的上皮細胞。
破壞宿主：衣原體寄生于宿主細胞可直接抑制宿主細胞的代謝，溶解寄生細胞，釋放溶酶及各種代謝產物，激發機體的免疫反應造成損傷。由于機體對衣原體的特異性免疫力弱，持續時間短，故衣原體易發生反復持續感染。
