本病診斷明確，必要時需與其他先天性心臟疾病相鑒別。臨床上最主要是與房間隔缺損進行鑒別診斷。本病容易誤診為房間隔缺損的原因有以下幾點：
1、 完全性肺靜脈異位回流非常少見，容易造成臨床醫生考慮不足，有報導稱這與心外科醫師對一些異常征象(如活動后發紺、上縱隔增寬心影等) 認識不夠、而超聲科醫師經驗不足也有關系。
2、在癥狀和體征上兩個疾病有相似之處，特別是在房間隔缺損開口較小而發紺明顯，X線檢查無典型的“8”字形心影的情況下，缺乏經驗的臨床醫生容易誤診，此時應復查超聲，防止誤診。
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